1894年4月14日,日本内务省指令冲绳县就以下内容进行调查:“该岛港湾之形状;未来有无物产及土地开拓的可能;旧记口碑等有无记载我国所属之证据及其与宫古、八重山岛之历史关系。”日本政府显然希望能发掘出哪怕是一星半点有利于其占据钓鱼岛的证据。遗憾的是,冲绳县于5月12日回复内务省,表示“没有关于该岛之旧时记录文书以及显示属我国领有的文字或口头传说的证据。”从内务省指令调查到冲绳县作出回复,经历了近一个月的时间。可以想见,冲绳县的回复决不可能是草率作出的,必是经过了仔细的调查考证。无奈,实在找不出任何的文字或哪怕是口头的传说,只得如实上报。仅此一则史料,便可明确断定,在此前漫长的历史时期内,钓鱼岛与琉球实在是扯不上任何关系。
同年7月,日本发动甲午战争。数月间,清军不断败退,至年底时败局已定。利用中日处于战争状态且中国军队已呈败势的有利时机,日本政府决定将钓鱼岛纳入其版图一事提上议事日程,因为此时已完全不必担心清政府的反应了。12月27日,日本内务大臣野村靖致函外务大臣陆奥宗光,判断“今昔形势已殊”,提议日本内阁会议讨论在钓鱼岛建立国标、将其纳入日本版图一事。1895年1月14日,日本内阁通过秘密决议,将钓鱼岛“编入”冲绳县管辖。
值得注意的是,甲午战后,日本强迫中国签订了《马关条约》,割取了“台湾全岛及所有附属各岛屿”。但在《马关条约》及相关附件中,并未明确台湾附属各岛究竟包括那些岛屿,既没有具体明列各附属岛名的割让清单,也没有标识割让各岛的地图。在一般的领土问题的谈判中,对割让领土的明确列举及地图标识是不可或缺的文件。但《马关条约》只是一句笼统的割让“台湾全岛及所有附属各岛屿”。这是一个很奇特的现象。
采用如此笼统而含糊的表述,可以说是日本政府一手造成的。
其一,在《马关条约》的谈判中,日方一再压迫缩短台湾交割的时间。清政府代表李鸿章多次表示,台湾交割牵涉很多,事件纷繁,换约后需6个月才可交割清楚,并要求日方派人与台湾巡抚会商,办理交割手续。但日本政府代表伊藤博文强势拒绝,要求大大缩短交割期限。最后《马关条约》规定,换约后两个月内双方各派大员完成交接手续。交割时间既紧,又将熟悉台湾事务的台湾官员排除在外,这就为日本的操作提供了空间。
其二,清政府交接代表李经方在交接谈判中,曾经提请日方注意,“所谓台湾附属岛屿,其岛屿之名称,有无列举于目录中之必要?因为在和平条约中,澎湖列岛之区域,已经纬度明定有案,但关于台湾所属岛屿并未明定其区域”。此时,李经方尚未预想到其他问题,他主要是担心,如果台湾附属岛屿不明确列举,日后中日有在福建沿海岛屿的归属问题上发生纠纷的可能。但日方不赞成采取列举法,日方代表水野遵表示,如果采取列记岛屿名称的办法,难免会出现遗漏或碰到无名岛之事,“若有脱漏者,或无名岛之类,将致不属于任何政府之所领。乃为不合理之一点。”水野遵保证,以后日本政府绝不会将福建省附近的岛屿主张为台湾所属岛屿,并称李经方的担心“自属杞忧”。这样,台湾及附属岛屿的割让便采取了极为模糊的表述。